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腸內菌是一種很小的微生物,無法用肉眼看到。一般來說,我們將微生物用於描述細菌、真菌、酵母菌和病毒。「微生物群體」(microbiome)是生活在特定區域中微生物的集合,例如人體的腸道內。我們有時也將這些稱為「菌群」(Flora)或「微生物群」(Microbiota)。
作為人類,我們從出生就開始構建腸道內的微生物群,我們的出生方式和出生環境對於我們腸道內的微生物類型有著關鍵的影響,嬰兒從接觸的每個人和環境中獲得微生物,並在整個生命中繼續接觸各樣微生物。因此,體內微生物的組合不是固定的,它會隨著時間和環境的進展而改變。
我們吃的食物對我們的腸內菌有很大的影響。腸道中的許多微生物可幫助我們從原本無法消化的食物中提取營養,不同的微生物在不同類型的食物上成長,透過攝取已知能使細菌繁殖的特定食物來刺激腸道中的好菌(也稱為益生菌,probiotics)生長,這一類的食物被稱為「益生元」(prebiotics)。